建于乾隆二十五年(1760年)。这一年适逢乾隆皇帝50寿辰，其母皇太后70寿辰的喜庆之时。又值清军出兵西北，平定了回部大小和卓木的叛乱，这是继平定准噶尔达瓦齐、阿睦尔撒纳叛乱后又一次取得平定叛乱的胜利，从而彻底结束了西北边疆地区90年分裂割据的混乱局面，给各族人民带来了和平。
普佑寺是外八庙喇嘛的"经学院"(藏语称扎仓)。学习内容分为显宗、密宗、医学、历算四大部分。这里不但培养外八庙的喇嘛，蒙古各部的喇嘛也选送到这里学经。学经费用全部由清政府提供。当时，这里不仅是喇嘛云集研习佛教经典、理论的 经学院，也是进行宗教活动的重要场所。
1964年，普佑寺因雷击起火，大部分建筑毁于火灾，当时仅存山门及四座配殿。经过整修的普佑寺，己于1996年6月27日正式向游人开放。
普佑寺占地面积9000平方米，座北面南，布局呈长方形。平面布局打破了传统的"伽蓝七堂"的 汉式手法，天王殿居中，前建佛堂，后又增添了凹形经楼，使其前后形成二层院落，布局十分严谨。殿内供奉的佛像，也与其它寺庙不同，有汉式的，也有藏式的。是外八庙中别具一格的庙宇。
山门：山门面阔五间，进深三间，单据歇山黄琉璃绿剪边瓦顶，正中门楣上嵌有乾隆御书"普佑寺"石匾，取"广荫大千"之意。山门内供两尊护法金刚(现已不存)。和其它寺庙不同的是，此寺没有钟鼓楼。
大方广殿：山门正北是一座面阔七间、进深五间、单据庑殿项的佛殿，殿檐下悬有乾隆御书"大方广殿"云龙陡匾，大方广殿，意思是佛相美妙庄严，仁德遍布全国。殿内正中的石须弥座上原供 有三尊金漆木雕佛像。两侧原供有藏传佛教十祖师的泥塑像。
配殿：大方广殿前东西两侧建有配殿各三间，东配殿内供有三尊密宗护法金刚，西配殿内供观音、文殊、普贤三大士，佛像均为木雕，现仅存基座。
天王殿：大方广殿往北是天王殿，天王殿面阔三间，单檐歇山顶，内供护世四天王、韦陀神将。天王殿两侧砌腰墙、辟门，将全寺分成前后两进院。
法轮殿：主殿法轮殿建在后院中央。法轮殿即佛说法的大殿，其殿面阔、进深均为七间，周围有回廊，是一座重檐攒尖顶、覆黄琉璃瓦的方形大殿。殿正中木桅上悬挂乾隆皇帝御书"法轮殿"云龙匾额，殿内正中木雕须弥座上供奉一尊铜释迦牟尼像，是用达什达瓦部带过来的固尔扎庙铜像碎片熔化后塑成的。可惜的是新中国建立前，军阀汤玉麟盘距承德时，其儿子将铜像劫走偷运到沈阳，后下落不明。此佛被劫后，寺内的大喇嘛不同意，经与督都交涉，将普陀宗乘之庙的铜佛请来一尊放在法轮殿内。
配殿：法轮殿前，东西各有配殿五间，东配殿原供有三尊佛像，正中为黄教祖师宗喀巴；西配殿原供有宗喀巴、一世达赖根敦珠巴、一世班禅凯珠结等三尊佛像。现在东西配殿展出了原罗汉堂五百罗汉中幸存下来的176尊罗汉。
经楼：法轮殿后为经楼，楼平面为 凹形，二层21间。下层原供胜乐王佛、大威德金刚等本尊佛像；上层为储藏经书的地方，内有讲经学方面的显教教义，算盘学主 要是天文历算，药师学主要有《四部医典》及火经学等经书，这上万卷的经书后被大军阀汤玉麟抢劫一空。 |
|
